《福州大学本科培养计划管理实施办法》是制定课程体系首先需要遵循的原则，其次通过交通工程专业工程应用能力、学科专业素养和职业道德素养相结合模式的培养，本着交通工程专业课程既要有相对稳定性，又要有一定的前瞻性，处理好课程设置中的静态与动态的相互关系，人才培养目标要有一定的市场预测能力及超前意识。这就要求公共基础课程相对稳定，保证交通工程技术人员的基本素质要求；专业核心课程与专业课程可随着行业的发展和岗位对人才技能的要求进行调整。整个课程体系定位以科学发展观为指导，以就业为导向，以专业能力为本位，以岗位要求和职业标准为依据，并满足学生职业生涯和社会经济的发展需要。
本专业课程体系由通识教育、专业基础教育、个性化教育等部分构成，包括人文社会科学、数学与自然科学、工程相关及专业课程、工程实践与毕业设计等类别的课程体系，涵盖”学术研究型、创新探索型、实践应用型”三大类。课程体系的设置能保证学生毕业具备人文精神以及人文、社科方面的背景知识；掌握扎实的基础理论、相关领域基础理论和专门知识及基本技能；具备相关领域跟踪、发展新理论、新知识、新技术的能力。其次，课程体系应符合课程知识先后修的逻辑关系原则。此外，每学期开学第一周班主任给每个班开一次全体学生参加的班会，主题是新学期如何选课，给同学们划定选课的范围以及讲解每类课程应修的学分要求，这样可以控制学生选学的课程能满足对各类课程学分分布的要求。
